Período colonial (1502-1821)
Cristóbal Colón arribó al continente en Trujillo (Colón) en 1502. Lo llamó Honduras por lo profundo de la costa. El español Hernán Cortés llegó en 1524.
El periodo colonial La conquista de Honduras comenzó en 1524, año en que Hernán Cortés, conquistador de México, envió a Cristóbal de Olid para que iniciara el sometimiento de los indígenas hondureños, en su mayoría lencas, jicaques, payas y arawacos. La conquista se caracterizó además por las luchas entre los distintos centros de poder español localizados en México, Panamá y Santo Domingo. En cualquier caso, Honduras constituyó una provincia dependiente del virreinato de Nueva España.
Cortés llegó en 1525 para ocupar formalmente el territorio, pero el descubrimiento de oro convirtió a Honduras en un centro de intrigas y conflictos durante varios años. Alonso de Cáceres fundó la ciudad de Comayagua en 1537 y venció la resistencia heroica del caudillo indígena Lempira. El lugarteniente de Cortés en Guatemala, Pedro de Alvarado, venció a todos sus oponentes en 1539. Ese año Honduras fue incorporada a la Capitanía General de Guatemala. Comayagua fue la capital durante la mayor parte del periodo colonial, aunque el auge de la minería alrededor de Gracias le dio a esta población tal importancia que en 1543 se convirtió en la capital de la Audiencia de los Confines, creada por Carlos I y que abarcaba toda Centroamérica. Sin embargo, los depósitos de oro y plata fueron más limitados de lo que se creía y Honduras fue perdiendo su importancia inicial, por lo que la capital de la Audiencia fue restablecida en Guatemala. Honduras fue gobernada por esta Audiencia hasta 1552 y después pasó a depender de la Capitanía General de Guatemala.
La actividad minera en los alrededores de Tegucigalpa motivó que esta ciudad, cuya Alcaldía Mayor había sido creada en 1579, desafiara también la hegemonía de Comayagua, creando una rivalidad que aumentaría su intensidad después de la independencia. Sin embargo, y de forma general, la Honduras colonial fue una provincia muy poco poblada de la Capitanía General de Guatemala, con la mayoría de su población dedicada a la agricultura y a la ganadería de autoconsumo. A finales del periodo colonial, fue un importante proveedor de alimentos y ganado para las regiones de El Salvador y Guatemala.
Durante toda la época colonial, y debido a su situación estratégica, sufrió los ataques de corsarios y piratas británicos, franceses y holandeses. A finales del siglo XVII los ingleses se establecieron en Río Tinto y reivindicaron la costa septentrional de Centroamérica, la costa de los Mosquitos, que posteriormente entregarían a Nicaragua